Kościół katolicki pod wezwaniem Matki Bożej Różańcowej przed II wojną światową stanowił własność ewangelików. Był to Ewangelicki Dom Ludowy, urządzano w nim wieczorki, przedstawienia, katechizowano dzieci. W czasie gdy biskupem Warmińskim był Bp Maksymilian Koller z funduszu św. Bonifacego, prawdopodobnie w roku 1933, na potrzeby wspólnoty katolickiej, zakupiono mały domek przy ul. Michała Kajki 27.

W jednej części tego domu (obecnej plebanii) założono kaplicę, a w drugiej zamieszkała rodzina państwa Dankowskich, która opiekowała się kaplicą.

Obok domu kościelnego zakupiono plac i zaczęto gromadzić materiał na budowę kościoła. Zrobiono plany architektoniczne, sporządzono projekt, który został zatwierdzony, lecz do budowy kościoła nie doszło z powodu wybuchu II wojny światowej.

W czasie wojny w miejscu obecnego kościoła była remiza. Następnie Rosjanie zrobili tam stajnię. W roku 1948 została utworzona w Mikołajkach Mazurska Placówka Duszpasterska. Pierwszym duszpasterzem został mianowany ks. Jan Latocha. Od września 1948 roku rozpoczęto przystosowanie zdewastowanego Domu Ludowego do potrzeb katolickiego kultu religijnego. W ciągu trzech miesięcy ukończono remont. Za zezwoleniem Kurii Biskupiej poświęcenia dokonał ks. Władysław Dudziak, proboszcz z Mrągowa. Powiększono kościół robiąc z mieszkania prywatnego prezbiterium. Przeniesiono ołtarz, zrobiono drzwi wejściowe główne do kaplicy, schody oraz wycementowano chodnik. Mieszkańcy Mikołajek bardzo chętnie włączali się w budowę, nie żałowali własnej pracy, większość prac parafianie wykonywali nieodpłatnie. W późniejszym czasie zostały wykonane witraże. Na głównej ścianie kościoła nad prezbiterium przedstawiona jest panoramiczna scena Objawienia Matki Bożej w Gietrzwałdzie z 1877 roku. 

Dla upamiętnienia IV pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Ojczyzny dobudowano do kościoła wieżę według projektu pana Jerzego Matłocha z Mikołajek i zawieszono w niej fundowane przez parafian dzwony: Ave Maria i Jan Paweł II.

W 1994 roku na placu kościoła wybudowana została grota, w której umieszczono figurę Matki Bożej Różańcowej z Lourdes.

W 2007 r. zostały wykonane nowe dębowe ołtarze boczne: Ołtarz Miłosierdzia Bożego i Ołtarz Matki Bożej. W tym samym roku rozpoczęto prace przy budowie nowego domu parafialnego.